Johannes X. Schachtner arbeitet nach seinem Studium in den Fächern Komposition und Orchesterdirigieren in München und Stipendienaufenthalten in Bamberg und Paris als freischaffender Dirigent und Komponist.
Er leitete Orchester wie die Kremerata Baltica, die Münchner Symphoniker, die Bad Reichenhaller Philharmoniker oder das Originalklang-Ensemble Concerto München sowie zahlreiche Ensembles im Bereich der Neuen Musik.
Musiktheaterproduktionen führten ihn u.a. ans Vorarlberger Landestheater oder zur Münchener Biennale. Er ist musikalischer Leiter des Jugendensemble für Neue Musik, Bayern (JU[MB]LE) sowie seit 2019 des von Julia Fischer initiierten Streichorchesters Kindersinfoniker.
Sein umfangreiches kompositorisches Werk wird von international renommierten Solisten wie Maximilian Hornung, Matthias Höfs, Lena Neudauer, Julius Berger oder dem Dirigenten Ulf Schirmer aufgeführt. Er erhielt zahlreiche Aufträge, etwa von der Münchener Biennale, dem Leopold-Mozart-Wettbewerb oder den Europäischen Wochen Passau. Im Herbst 2018 kam bei den Niedersächsischen Musiktagen ein abendfüllendes Werk zu Herman Melvilles „Bartleby“ zur Aufführung, 2019 gelangte beim Kronberg Academy Festival unter seinem Dirigat ein Doppelkonzert für Violine, Violoncello und Streichorchester zur Uraufführung.
Zur Zeit entsteht ein Violinkonzert für die Geigerin Julia Fischer, ein Auftragswerk der Bamberger Symphoniker.
Für sein Schaffen, das regelmäßig in Portraitkonzerten zu hören ist wurde Johannes X. Schachtner vielfach bei Wettbewerben ausgezeichnet. Im Juli 2019 erschien seine dritte Portraits-CD (Sammelsurium – Musik für Blech und Tasten), die in Koproduktion mit dem BR entstand.
Johannes X. Schachtner erhielt u.a. 2013 den Musikförderpreis der Landeshauptstadt München, 2014 den bayerischen Kunstförderpreis. Zudem ist er regelmäßig als Kurator von Konzerten und Projekten im Bereich der zeitgenössischen Musik tätig.
Im Sommersemester 2021 übernahm er eine Professurvertretung im Hauptfach Komposition der Hochschule für Musik und Theater München.